药用植物园始建于1954年，为南京中山植物园建设的第一个专类园，是集中草药资源保存、研究、开发以及科普教育及旅游为一体的中医药现代科技园。

园区占地30亩，收集、保存国内外药用植物510余种，有我国特产中草药小檗、喜树、七叶树、盾叶薯蓣、七叶一枝花等。
位于全园中心区内，北依紫金山，南临树木园，四周有山泉溪水环绕，园内有喷灌装置，为各种药用植物提供了良好的生长环境。根据植物生长环境和药用部位，全园分为根和根茎药区、花果种子药区、全草药区、藤本药区、阴湿药区和水生药区。各类药用植物错落有致地布置于不同区域内，生机盎然，相得益彰。